Yo trabajo con los dos (ya que para mi no es una cuestión de lo que te guste mas o menos, si no de como te pidan el trabajo en imprenta o incluso hay determinados apartamentos que usan uno concreto y tienes que "fastidiarte") y personalmente cuando alguien me pregunta cual me gusta más (y curiosamente ayer tube una conversacion con un amigo acerca d esto), suelo decir que Indesign sirve para "jugar" a maquetar, y Quark sirve para MAQUETAR. Se nota Y MUCHO , que Indesign es de la marca Adobe, que de toda la vida ha estado mas enfocado a Photoshop e incluso a Illustrator, programas más de imagenes que de textos. La interfaz de Indesign, a la hora de maquetar es realmente desesperante y mientras en Quark practicamente todas las opciones de texto (por no decir todas) las tienes en la ventana formatos, en Indesign cada cosa está en un sitio diferente, si quieres darle interlineado te vas a una ventana… si quieres darle un espacio entre los parrafos te tienes uqe buscar otra ventana… si quieres aplicar tabuladores te tienes que ir a otra… para editar las diferentes ligaduras (lo cual es inportantisimo), o no permite hacerlo, o estan increiblemente escondidas ya uqe yo no se lo he encontrado… vale que tiene mas compatibilidad con Photoshop y es mejor a la hora de crear PDF, pero salvo eso, es un programa que intenta abarcar tantas cosas, que al final se olvidan de lo mas importante, la facilidad a la hora de maquetar.

Sin lugar a dudas Quark, para mi, es el rey de la maquetación profesional.

Aunque partan de una base, quark ofrece un sistema más límpio y rápido para cirtos documentos, sobretodo periódicos y volúmenes con muchas páginas, columnas, clases y estilos.

InDesign es más plástico y más compatibe, y una herramienta óptima para semi-profesionales, amateurs y trabajos de pequeña-media embergadura.

Por ponerlo fácil:

Documentos muy grandes, complicados: Quark
Documentos medios-pequeños, sencillos: InDesign.

A nivel de usuario olvidate de Quark.

Y la realidad es la que comentas Victor, si PDF, Postscript,Photoshop, Ilustrator, Acrobat, etc. son de Adobe ¿qué puede hacer otra empresa? Lástima de la necesaria competencia.